为落实《中共中央 国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》中明确提出的“加强绩效考核，提高服务效率和服务质量”要求，根据2010年全国疾病预防控制绩效考核工作安排，疾控局从各省、区、市抽调56名省级疾病预防控制绩效考核技术骨干，对2008、2009年度各省区域疾病预防控制工作和省级疾病预防控制中心基本职责履行情况进行现场考核。6月7日-13日，13个现场考核组按照统一的现场考核流程和方法，有重点地进行现场核查，完成了对包括新疆生产建设兵团在内的27个省、自治区、直辖市（北京市、吉林省、四川省、江苏省和浙江省已完成首批考核）的绩效考核工作。
考核结束后，各地普遍反映此次考核起到了摸清底数、查找问题、督促提高的作用，对加强疾病预防控制能力建设、全面推进疾病预防控制工作规范管理、促进疾病预防控制工作基本职责的全面落实，起到了推动作用。
目前，疾控局正在组织对绩效考核初步结果进行汇总、分析，预定在7月底前完成各省疾病预防控制绩效考核评价报告。
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