自贡 

自贡市疾控中心通过基因测序精准锁定“病毒元凶”

日期:2022-08-30 16:34      来源:自贡市疾病预防控制中心
字号:
分享:

  近日的凌晨,自贡市疾控中心接到我市一区县3名外省返乡人员新冠病毒核酸检测结果阳性报告,自贡疾控随即启动了新冠样本复核及新冠病毒全基因组测序、分型和溯源工作。

  这是继2021年以来我市的又一起省外输入新冠肺炎确诊病例。在接到样本后,自贡市疾控中心基因测序小组立即着手开展样本复核工作,确定该样本为阳性并且符合测序条件。随即运用二代、三代全基因组测序技术开展测序工作。基因测序需要经过核酸提取、目的基因的捕获、扩增、纯化、建库等步骤,这些看似简单的流程,却需要十分精细的操作和计算。

  经过测序技术人员昼夜不眠不休的检测,仅仅约10个小时,就获得了三代初步测序结果。通过与生物信息学分析及序列比对,证实此次三个样本均为奥密克戎BA.2.76变异株,与西藏公布的新冠流行毒株为同一型别。826日早晨8点,获得这三个新冠样本二代测序结果,经过比对分析,此次二代测序结果新冠全基因组序列覆盖度达99.75%,均为BA.2.76变异株,结合流行病学调查证实此次疫情为西藏输入病例。

  早在2020年新型冠状病毒肺炎疫情刚发生时,自贡疾控中心就组织相关专家讨论防控策略,多次送培专业技术人员前往国家疾控中心、四川省疾控中心和华大智造学习测序与分析技术,积极开展技术、设备、人员储备,同时迅速组织成立测序小组,熟悉相关技术流程,制定操作规程,做好各环节的准备,为我市迅速开展新冠病毒测序分析及溯源工作夯实了基础。“在德尔塔病毒来临之前,我们已做好充分的技术准备”。并成功应用于20218月我市荣县1例无症状感染者复阳疫情和20211024我市富顺县1例输入性新冠核酸阳性无症状感染者溯源工作。

  与前几次此次测序溯源相比,此次测序所获得结果时间缩短至24小时以内(三代测序10小时左右),进一步提升了我市的应急溯源能力,为我市新冠病毒溯源及不明原因突发公共卫生时间提供精准实验室数据。


专题专栏

更多+