自然灾害如水灾、地震、火山喷发和海啸等，都会造成人类居住条件和生态平衡的大规模破坏。人畜腐烂尸体、废墟中的垃圾、遍地的瓦砾及连续不断的降雨，加上粪便、垃圾运输和污水排放系统被破坏，人员密集、居住拥挤，均为蚊、蝇、鼠等病媒生物的孳生提供了有利条件，产生相关传染病暴发的风险。
在开始阶段，由于地震等自然灾害造成大量房屋的破坏，人们被迫露宿，然后可能在简陋的棚屋中居住相当长的时间，并且造成人口集中和居住拥挤。露宿使人们易于受到吸血节肢动物的袭击。在这一阶段，虫媒传染病的发病可能会增加，如疟疾和乙型脑炎等。 因此，灾后迅速消灭蚊虫和老鼠的孳生场所是防止传染病流行的最有效的手段。通过排除居住环境周围的各种积水，清除杂草，减少其孳生地，可以大大降低蚊虫的密度。同时，广泛发动群众，充分利用蚊帐、居室内喷洒滞留型灭蚊药或驱避剂，居室周围喷洒高效低毒杀虫剂加强人畜隔离手段改善居住环境，加强居住环境的治理等措施，加强防蚊设施的建设，落实防蚊措施，降低居室周围的蚊虫密度，减少被蚊虫叮咬的机会。
自然灾害发生后，死亡的人和动物，以及大量的食物和其他有机物质，在温暖的气候条件下会很快腐败，为蝇类的孳生提供了条件，极易导致肠道传染病和食物中毒的发生和流行。因此，自然灾害发生时，尽力做好饮水消毒、食物安全供应，粪便无害化处理。在灾民聚集点搭建应急厕所，要求做到粪池不渗漏；合理布设垃圾收集站点，收集生活垃圾，并由专人负责清扫、运输，做到日产日清。对正常死亡之尸体应尽快运出进行活化处理，对甲乙类传染病死亡者，应做好卫生消毒，以最快速度运出火化。对环境清理中清出的家畜家禽和其他动物尸体应用漂白粉或生石灰处理后深埋。
地震等自然灾害造成大量的房屋破坏，一些原来鼠类不易侵入的房屋被损坏，废墟中遗留下大量的食物使得家栖的鼠类获得了大量增殖的条件。当灾后重建开始，居民陆续迁回原有的住房时，鼠患可能成为重大问题，由家鼠传播的疾病的发病率也可能上升。灾害发生后，应大力开展爱国卫生运动，改善灾后临时住地的卫生条件，必要时进行灭鼠。由于鼠类分布广泛，不易全面消灭，可根据鼠的生态学，发动群众，因地制宜，采用各种方法（器械法、毒饵法、熏蒸法、生物法、生态法）进行灭鼠，将鼠密度降低到5％以下。
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